历史上，苏尼特右旗曾是北方游牧民族繁衍生息的辽阔草原。秦汉时期为上谷代郡北境。后汉乌桓鲜卑居之。晋为拓跋氏地。隋唐初为突厥所居。辽为抚州。金属西京路。元归兴和路。明属察哈尔万户。清崇德七年（1642年）设苏尼特右旗。1914年属察哈尔特别区。1928年归察哈尔省。1937年、1939年分别被伪“蒙古联盟自治政府”、伪“蒙古联合自治政府”控制。1946年7月成立苏尼特右旗民主政府。1948年8月成立苏尼特右旗临时政府，辖18个苏木。1949年7月成立苏尼特右旗人民政府，合并为9个苏木、1个农业区。1950年改设7个牧业苏木，1个乡级农业区。1958年政府驻地由温都尔庙迁至赛汉塔拉，改设5个人民公社。1957年额仁淖尔、格日勒敖都公社划入二连镇（县级）。1961年调整为11个公社、1个镇、1个办事处。1966年额仁淖尔、格日勒敖都2个公社划归苏尼特右旗。1969年11月苏尼特右旗划入乌兰察布盟，1980年5月划归锡林郭勒盟管辖。1980年5月呼格吉勒图牧场、阿尔善图牧场改为人民公社。1983年11月至1984年9月，人民公社改苏木乡。1985年10月设14个苏木、2个镇、1个乡。 2001年乡级政府调整为10个苏木、4个镇。2003年格日勒敖都苏木全部、额仁淖尔苏木的1个嘎查划归二连浩特市。2006年，撤并为3镇、3苏木。2012年，恢复阿其图乌拉苏木。